CanonicalとはURLを正規化するためのlinkタグの要素のことで、カノニカル、キャノニカルと発音します。
Canonicalを指定することで、ほぼ同じ内容のコンテンツ(いわゆる重複コンテンツ)のうち、検索結果に優先的に表示させたいページを指定することができます。
また上記以外の利用方法として、ドメインを変更したがリダイレクトがシステム的にかけられない場合、Canonicalタグを用いて疑似的にGoogleにリダイレクトを通知することができます。
例えば aaa.com から bbb.com にドメインを変更した場合、一般的にはaaa.comからbbb.comにリダイレクトをかけますが、それが出来ない場合、aaa.com にCanonicalで bbb.com のURLを指定することで、リダイレクトしていますとGoogleに通知することが出来ます。